أذنت النيابة العمومية بالقطب القضائي لمكافحة الإرهاب للوحدة الوطنية المختصة بالتحقيق في جرائم الإرهاب ببدء التحقيقات اللازمة ضد محمد المنذر الزنايدي بتهمة تكوين تنظيم إرهابي، والتحريض على الانضمام إليه، والتآمر على أمن الدولة الداخلي والخارجي، والاعتداء بغرض تغيير نظام الدولة، ودفع السكان للاعتداء على بعضهم البعض وإثارة الفوضى داخل التراب التونسي. كما تم إصدار مذكرة تفتيش بحقه وفقًا لتصريح حنان قداس، الناطقة الرسمية باسم القطب القضائي لمكافحة الإرهاب.
وأوضحت قداس أن هذا القرار جاء بناءً على رصد مقاطع فيديو نُشرت عبر صفحة تحمل اسم الزنايدي على مواقع التواصل الاجتماعي، حيث دعا فيها إلى العصيان ضد النظام القائم ومؤسسات الدولة ورئيسها، مما قد يتسبب في زعزعة الأمن وإثارة الخوف بين المواطنين.